《秘密入口研究所》第一季是一部紧张刺激的监狱剧，讲述了米高·斯科菲尔德的故事，他为了救被冤枉的哥哥林肯·伯罗斯而精心策划了一场越狱计划。

米高是一个聪明而坚强的工程师，他利用自己的智慧和技能，在监狱里建立了一个庞大的网络，并一步步地实施他的越狱计划。他招募了七名罪犯来帮助他，包括西奥多·“T-Bag”·巴格韦尔、本杰明·迈尔斯·“C-ノート”·弗兰克林、费尔南多·苏克雷和约翰·阿布鲁齐。

在越狱过程中，米高和他的团队面临着重重困难和挑战。他们必须躲避狱警的追捕，还要应对其他囚犯的威胁。他们还必须克服自己的弱点和恐惧，才能最终实现他们的目标。