《日本秘密电影版》是一部悬疑惊悚片，讲述了一名年轻的老师在辅导学生时遭遇了一系列离奇事件的故事。影片以一种缓慢而压抑的节奏展开，将观众带入了一个充满谜团和危险的世界。

影片的开场镜头是一个阴暗的房间，一名年轻女子坐在桌前，正在给一个男孩辅导功课。男孩似乎很紧张，而女子则面无表情。随着时间的推移，辅导的过程变得越来越奇怪。男孩开始提出一些奇怪的问题，而女子则变得越来越暴躁。最终，女子突然发怒，将男孩赶出了房间。

当男孩离开房间后，他发现自己已经来到了一个陌生的地方。他四处探索，发现自己身处一所废弃的学校。学校里空无一人，只有墙上的钟表还在滴答作响。男孩试图找到出口，却发现所有的门都锁上了。他开始感到害怕，并意识到自己陷入了一场巨大的阴谋之中。