《秘密研究所宅男好好学习》讲述了一位神秘人物的故事，他被雇佣来完成一项危险的任务。他是一名经验丰富的间谍，曾执行过许多危险的任务。这次，他被指派渗透敌国的情报机构，窃取一份绝密文件。

为了完成任务，他必须伪装成一名普通的商人，深入敌国，并与当地的情报人员建立联系。在执行任务的过程中，他遇到了许多危险和挑战，但他凭借着自己的聪明才智和过硬的技能，一次次化险为夷。

最终，他成功窃取了绝密文件，并安全返回了自己的国家。他出色地完成了任务，获得了组织的嘉奖。然而，在执行任务的过程中，他也失去了很多，包括他的爱人和朋友。他意识到，间谍的生活是残酷的，但为了国家的利益，他必须继续下去。