《秘密研究所宅男腐女》，是一部以校园生活为背景的青春偶像剧。整个故事围绕着男女主人公的恋爱故事展开，穿插着他们与朋友、家人之间的各种情感纠葛。男主角苏木是一个帅气阳光的大男生，他暗恋着女主角桃子很久了。有一天，桃子突然收到了一封情书，她误以为是苏木写给她的，于是开始对他产生好感。然而，随着时间的推移，桃子发现苏木并不是情书的真正作者，她开始对苏木产生怀疑。

正当桃子对苏木感到失望的时候，苏木却向她表白了。苏木告诉桃子，他一直都很喜欢她，只是因为害怕被拒绝，所以才不敢表白。桃子被苏木的真诚打动，最终接受了他的表白。两人开始了甜蜜的恋爱。然而，他们的恋情却遭到了桃子的父母的反对。桃子的父母认为，苏木和桃子门不当户不对，不适合在一起。而苏木也因为家庭的贫困，而自卑不已。

面对着重重的阻碍，苏木和桃子并没有放弃。他们用自己的真爱感动了桃子的父母，最终得到了他们的祝福。两人最终幸福地生活在了一起。