《秘密研究院帝王爱学习》延续了第一季的风格，以魏无羡和蓝忘机的爱情故事为主线，讲述了他们在乱世中披荆斩棘，最终走到一起的故事。第二季的剧情更加跌宕起伏，感情线也更加细腻，让观众看得欲罢不能。

在第二季中，魏无羡和蓝忘机的感情有了进一步的发展。两人在云深不知处共同生活了一段时间，感情逐渐升温。但由于魏无羡的夷陵老祖身份，以及蓝忘机的家族背景，两人的感情遭到了重重的阻碍。

面对世俗的偏见和家族的压力，魏无羡和蓝忘机并没有退缩，他们用自己的行动证明了爱情的力量。最终，他们冲破重重阻碍，走到了一起。第二季的结局是美好的，魏无羡和蓝忘机终于过上了幸福的生活。