《秘密福利研究院》是一部探讨女性身份、家庭关系与社会压力的电影。电影讲述了香港一个年轻的妓女王佳梅的故事，她因涉嫌谋杀一名男子而被警方逮捕。在审讯过程中，佳梅慢慢地讲述了她的人生故事，包括她如何从一个小城镇来到香港，如何被迫成为妓女，以及她与母亲、妹妹和男友之间的复杂关系。

佳梅的母亲是一位强势而势利的女性，她一心想要让女儿成为有钱人。为了达到这个目的，她不惜逼迫佳梅成为妓女，甚至在佳梅怀孕后也不允许她堕胎。佳梅的妹妹是一位乖巧听话的女孩，她崇拜姐姐，希望能成为和她一样的人。佳梅的男友是一位黑社会混混，他对佳梅很好，但他也常常对她施暴。

在法庭上，佳梅为自己辩护，她声称自己并没有杀害那名男子，而是他的妻子杀害了他。然而，陪审团最终认定佳梅有罪，并判处她无期徒刑。在监狱里，佳梅饱受折磨，但她仍然坚强地活着。她希望有一天能够洗清自己的罪名，并与家人团聚。