《秘密研究所入口午夜久久》是以人气动画《秘密研究所入口午夜久久》为基础改编的动画电影，由新房昭之执导，虚渊玄负责脚本，Shaft负责制作。该片于2013年10月26日在日本上映。

《秘密研究所入口午夜久久》的故事发生在《秘密研究所入口午夜久久》动画版一年的之后。鹿目圆香已经成为魔法少女，并与伙伴们一起战斗。虽然已经不再是人类，但小圆过得很快乐。然而，突然有一天，小圆在战斗中受到重伤。情况非常的危急。

小圆的伙伴们为了拯救小圆，借助时间回溯法术，回到了小圆成为魔法少女之前的时候。他们想通过改变过去，来改变小圆的命运。然而事情并不简单，小圆的命运是无法轻易改变的。