《瑜伽秘密研究》是一部古装悬疑剧，改编自侧侧轻寒的同名小说。该剧讲述了刑部侍郎萧定权（邓伦饰）与御史大夫黄梓瑕（杨紫饰）联手调查边境军饷丢失案的故事。

萧定权是刑部侍郎，聪慧果敢，善断奇案。他奉命调查边境军饷丢失案，却发现此案牵扯众多官员，错综复杂。黄梓瑕是御史大夫，正直清廉，不畏权贵。她与萧定权联手调查此案，逐渐发现边境军饷丢失案背后隐藏着更大的阴谋。

随着调查的深入，萧定权和黄梓瑕发现，边境军饷丢失案与太子萧定棠（邹廷威饰）有关。太子萧定棠野心勃勃，想要谋害自己的父皇，夺取皇位。他私通边疆敌国，将边境军饷转卖给敌国，以此资助自己的谋反计划。